《秘密授课》是一部带有奇幻悬疑色彩的校园漫画。女主角白雨棠是一名普通高中生，却意外成为神秘代课老师苏沐的“唯一学生”。苏沐的授课内容并非课本知识，而是潜入他人梦境，修复被噩梦侵蚀的精神世界。白雨棠在一次次“秘密授课”中，发现了同学、老师乃至整个学校背后隐藏的集体创伤，而苏沐的真实身份也与这场持续多年的“精神瘟疫”息息相关。
白雨棠无意中进入苏沐的意识深处，发现他竟是百年前第一位“梦境修复师”，因封印了强大的“噩梦之源”而陷入沉睡，现在的他只是苏醒的意念体。一旦修复完所有梦境，他便会彻底消散。
校长每天深夜都被同一噩梦困扰，梦见自己年轻时因偏见开除了一名天才学生。白雨棠协助苏沐进入校长梦境，让他在幻境中与那位学生和解，醒来后校长决定改革校规，弥补过去的遗憾。
年级第一的学霸总梦见自己身处无字图书馆，所有知识都消失无踪。苏沐发现，学霸的内心深处早已对学习产生恐惧。通过引导她在梦中发现一本“热爱之书”，帮她找回了学习的初心与乐趣。
一名女生因校园霸凌不敢上学，在梦中变成了被囚禁的公主。白雨棠主动请缨进入她的梦境，化身为骑士与她并肩作战，打破了囚笼。现实中，白雨棠也站出来为她发声，粉碎了霸凌者的谣言。
白雨棠因失眠严重被心理老师推荐给苏沐。她的第一堂课是在梦境中重建被烧毁的童年小屋，过程中她发现自己潜意识里对家庭变故的逃避，苏沐告诉她，只有面对恐惧，梦境才能安稳。
新学期开始，帅气神秘的苏沐成为代课老师。他点了全班唯一睡着的白雨棠回答问题，并在她耳边低语：“你被噩梦选中了，放学后，来办公室上第一堂‘秘密授课’。”